Pengawasan sumberdaya kelautan dan perikanan dilakukan dengan cara operasi armada (patroli laut), pelaksanaan pengawasan sumberdaya kelautan dan pelaksanaan pengawasan sumberdaya perikaan. Hasil pengawasan yang telah dilaksanakan kemudian dilakukan upaya penaganan pelanggaran dan penegakan hukum oleh penyidk perikanan apakah dikenakan sanksi administrative atau sanksi pidana.
Pemantauan operasi armada memiliki peranan dalam mengawasn perairan dari aktivitas ekploitasi sumberdaya kelautan dan perikanan yang tidak bertanggung jawab. Pemantauan operasi dan armada dilakukan dengan cara melakukan giat patroli pengawasan baik secara mandiri maupun terpadu (patrol Bersama). Kementerian kelautan dan perikanan dalam hal pemantauan operasi armada juga dilakukan dengan Airborne surveillance yaitu pemantauan aktivitas kapal perikanan dari udara melaui pusat pengendalian (Pusdal) PSDKP.
Pengawasan sumberdaya kelautan berperan dalam melakukan pengawasan dan pemeriksaan perizinan sektor kelautan diantaranya kegiatan pemanfaatan ruang laut, kegiatan Destructive Fishing, aktivitas di Kawasan konservasi, penanganan pencemaran, kapal kandas, benda muatan kapal tenggelam (BMKT) dan aktivitas pemanfatan jenis ikan dilindungi serta sedimentasi hasil laut.
Pengawasan sumberdaya perikanan dilakukan dengan cara melakukan pengawasn rutin dan insidentil sektor perikanan diantaranya pengawas usaha perikanan penangkapan ikan di laut dan Peraian umum daratan (PUD), pengawasan distribusi hasil perikanan, pengawasan kegiatan pembudidayan ikan dilaut dan di PUD, pengawasan pengolahan dan pemasaran hasil perikanan.
