Pemanfaatan ruang laut dilakukan dengan cara penilaian persetujuan/konfirmasi Kesesuaian Kegiatan Pemanfaatan ruang laut (KKPRL). Persyaratan dasar Perizinan Berusaha meliputi kesesuaian kegiatan pemanfaatan ruang, persetujuan lingkungan, persetujuan bangunan gedung, dan sertifikat laik fungsi yang dikeluarkan oleh Menteri Kelautan dan Perikanan. Outputnya adalah dokumen persetujuan/konfirmasi KKPRL. Selanjutnya investor memenuhi perstujuan lingkungan yang dikeluarkan oleh Menteri Lingkungan Hidup, outpunya adalah persetujuan lingkungan (UKL-UPL/amdal). Kemudian proses selanjutnya adalah pemenuhan perizinan berusaha berbasis resiko berdasarkan Klasifikasi Baku Lapangan Usaha Indonesia (KBLI) sesuai dengan jenis prmanfaatannya.
Pengelolaan ruang laut tidak akan berjalan dengan baik jika tidak di dukung pengawasan pengelolan sumberdaya kelautan. Pengawasan berperan dalam menjaga iklim usaha untuk meningkatkan kepatuhan dan tertib berdasarkan peraturan dan perundang-undangan sektor kelautan dan perikanan. Pengawasan pemanfaatan ruang laut merupakan kewajiban Pemerintah yang diatur dalam Pasal 235 Ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 5 tahun 2021 tentang Penyelenggaraan Perizinan Berusaha Berbasis Risiko bahwa pengawasan terhadap perizinan berusaha di sektor kelautan dan perikanan dilakukan oleh Menteri, Gubernur, Bupati/Walikota yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang kelautan dan perikanan.
Pelaksanaan pengawasan pemanfaatan ruang laut dilaksanakan oleh Pengawas Perikaan dan Kepolisian Khusus (Polsus) Pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil (PWP3K) dan penegakan hukum dilaksanakan oleh Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS) Perikanan Sesuai Pasal 235 Ayat (2) menegaskan bahwa kewenangan pengawasan oleh Menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang kelautan dan perikanan dilakukan oleh Polisi Khusus Pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil (Polsus PWP3K) dan Pengawas Perikanan. Pelaksanaan pengawasan dilakukan secara rutin dan insedentil dengan cara melakukan pemeriksaan terhadap kesesuaian lokasi kegiatan, kesesuaian jenis kegiatan Pemanfaatan Ruang Laut, pemenuhan hak dan kewajiban pelaksanaan kegiatan Pemanfaatan Ruang Laut, keabsahan dokumen persetujuan/konfirmasi KKPRL, penyampaian laporan pendirian dan/atau penempatan bangunan dan instalasi di Laut, penyampaian laporan tertulis secara berkala pelaksanaan kegiatan Pemanfaatan Ruang Laut, kesesuaian pelaksanaan dokumen persetujuan/ konfirmasi KKPRL dengan dokumen RTR dan/atau rencana Zonasi, dan/atau dampak pelaksanaan dokumen persetujuan/ konfirmasi KKPRL terhadap Ruang penghidupan dan akses nelayan kecil, nelayan tradisional, dan pembudidaya ikan kecil. Jika ada potensi pelanggaran maka akan dilakukan Permintaan permulaan oleh Polsus PWP3K, kemudian dilakukan ekpose untuk memastikan pengenaan sanksi Pidana atau sanksi Administratif.